Fundado em 1975 pelo empresário Salézio Kindermann, em Caçador-SC, o clube que leva o sobrenome do fundador passou a investir no futebol feminino apenas em 2008. A equipe participa do Campeonato Brasileiro desde a fundação, em 2013. Na primeira temporada ficou na primeira fase, mas no ano seguinte, em 2014, chegou a final, perdendo para a Ferroviária. Sob o comando de Josué Kaercher, o Kindermann não foi bem no Brasileiro em 2015, mas foi campeão da Copa do Brasil, na época a principal categoria nacional.
No final daquele ano, porém, uma tragédia atingiu a equipe. Armado, o ex treinador Carlos José Correa entrou no Hotel Kindermann e atirou contra Josué, que chegou a ser socorrido, mas não resistiu. Depois da perda o clube encerrou as atividades.
O Kindermann retomou as atividades em 2017 e foi campeão catarinense. No Brasileiro perdeu nas quartas de finais para o Rio Preto. No ano seguinte caiu novamente nas quartas, dessa vez para o Flamengo.
Em 2019 firmou uma parceria com o Avaí, válida por dois anos.
Se tratando de competições, em 2019 o Kindermann conquistou de forma invicta o campeonato catarinense, vencendo seis jogos e marcando 18 pontos. A competição foi disputada entre os meses de outubro e novembro e antes disso a equipe disputou o Brasileiro Série A1.
Na primeira fase do campeonato nacional ficou na terceira posição, com 34 pontos marcados, ficando atrás apenas de Corinthians e Santos. A boa campanha deu passaporte para as quartas de final, onde enfrentou o Audax e venceu as duas partidas por 1 a 0. Nas semifinais, porém, empatou os dois jogos em 1 a 1 com a Ferroviária e acabou sendo eliminado nos pênaltis.
Para a temporada 2020, o Avaí/Kindermann já renovou com a goleira Barbara, as zagueiras Juliana, Carla, Siméia e Tuani, as atacantes Duda, Luana, Mylena e Catyellen, as meio campistas Julia, Tauane, Letícia Albuquerque e Sthephanie, a lateral-direita Bruna e a lateral-esquerda Thaíni.
Além das renovações, o técnico Jorge Barcellos também conta com os reforços da atacante Letícia Silva, que estava na China, da volante Verônica, que estava no Foz Cataratas, da zagueira Camila, que estava no Palmeiras, da atacante Soraya, que estava na Chapecoense, da goleira Fernanda, que estava no Internacional, da também goleira Letícia Bussatto, que começou a carreira no Kindermann e estava na Ponte Preta e da meio campista Bebel, que retorna ao time e estava no Santos.
Com as contratações, a equipe ficou mais experiente e, de acordo com o treinador, a meta é conquistar títulos. “A expectativa é de fazermos um grande ano e conseguir os dois títulos mais importantes dessa temporada, o Brasileiro e a Libertadores.”